平成10年(1998年)6月、金融監督庁設置法に基づき、総理府(現、内閣府)の外局として、金融機関の検査・監督業務を専門的に担当する機関として発足しました。
金融行政の透明性や公正性の確保の観点から、大蔵省(現、財務省)が担当していた保険会社や銀行の検査・監督業務を分離して、金融監督庁に移管しています。
平成10年(1998年)10月、金融再生委員会設置法により金融再生委員会が設置され、金融監督庁はその下部組織であったが、平成12年(2000年)7月大蔵省金融企画局と統合され金融庁となりました。